Le Grotte di Castelcivita si sviluppano lungo un unico ramo principale da cui, in più punti, si disserrano brevi diramazioni secondarie. Il sistema ipogeo si presenta suddiviso in tre percorsi.
Questa suddivisione consente di passare da un percorso turistico ad un percorso fuori sentiero che, attraverso spettacolari ambienti concrezionati, adorni di imponenti ed eccentriche formazioni calcaree, conduce fino ad un ampio bacino idrico definito “lago Sifone” per poi dare spazio al terzo percorso dedicato ai soli speleologi dove la grotta termina con un altro lago definito “Lago Terminale”.
Dopo numerose esplorazioni speleologiche, documentate già a partire dalla fine dell’Ottocento, nel 1972 le Grotte di Castelcivita hanno acquisito una notevole rilevanza paleontologica grazie alla localizzazione di interessanti depositi archeologici all’ingresso della cavità.